1. 개요 및 목적
1. 개요 및 목적
두 종류의 주요한 장티푸스 유전자를 증폭할 수 있는 primer set을 이용하여 장티푸스를 진단하는데 사용되는 중합효소 연쇄 반응 분석법이다.
2.실험 재료 및 기기
2. 실험 재료 및 기기
PCR PreMix, Primer set, 결핵균 DNA, Agaroge gel, TAE or TBE buffer, loading dye, DNA ladder (100bp)
Forward primer 1 | GCT TAA TGT CCA AGA TGC CTA CAC |
Reverse primer 1 | GAG CAA CGC CAG TAC CAT CTG |
Forward primer 2 | CAC GCA CCA TCA TTT CAC CG |
Reverse primer 2 | ACT AAC GGC CTA AAC GGG AT |
Conventional PCR (ex.DuxCycler-바이오메듀스,한국)
DNA Electrophoresis (ex.DuxGeldoc- 바이오메듀스,한국)
3. 실험 방법 및 절차
3. 실험 방법 및 절차
1) PCR 혼합액을 준비한다. PCR 혼합액은 검체 1개 기준으로 다음 표의 조성으로 각 시약을 혼합하여 준비 한다. 이때 각 시약의 사용량은 대조군(양성대조군, 음성대조군)을 포함한 검체의 반응수에 따라 필요한 양을 계산한다.
첨가시약 | 용량(검체 1개 기준) |
PCR PreMix | 10 ㎕ |
Primer Mix | 4 ㎕ |
D.W | 3 ㎕ |
합계 | 17 ㎕ |
2) PCR 혼합액을 5회 정도 가볍게 섞어주거나 vortexing한 후 가볍게 원심분리한다.
3) PCR 튜브에 PCR 혼합액을 17 ㎕씩 분주한다. (분주 후에는 바로 뚜껑을 닫아 오염을 방지한다.)
4) 튜브에 임상검체에서 추출한 template DNA 3 ㎕를 첨가한다.
(양성대조군에는 제공되는 양성대조군 DNA를, 음성대조군에는 D.W를 첨가한다.)
첨가시약 | 용량(검체 1개 기준) |
PCR 혼합액 | 17 ㎕ |
template DNA | 3 ㎕ |
합계 | 20 ㎕ |
4) 각 혼합액 튜브는 30초간 원심분리 후, PCR 장치에 넣어 아래와 같이 반응시킨다.
과 정 | 온 도 | 시 간 | cycle 수 |
UDG treatment | 37℃ | 2분 | 1 |
Pre-Denaturation | 95℃ | 15분 | 1 |
Denaturation | 95℃ | 30초 | 40 |
Annealing | 58℃ | 1분 |
Extension | 72℃ | 2분 |
Final-Extension | 72℃ | 5분 | 1 |
End | 4℃ | ∞ | |
5)PCR 산물 5 uL를 1-2% 아가로즈 겔에서 전기영동하여 확인한다.
4. 실험 결과
4. 실험 결과
-두개의 밴드 587bp, 484bp에서 모두 확인 시 양성으로 판단한다.
5. 주의 사항
5. 주의 사항
1) 실험 도중 DNA나 PCR 시약이 오염되지 않도록 파이펫팅에 주의를 기울인다.
2) 실험 방법 중 온도나 시약 양을 틀리지 않게 주의하여 실험한다.
#장티푸스 #DNA # UDG system #PCR
목차
1.개요 및 목적
2. 실험 재료 및 기기
3. 실험 방법 및 절차
4. 실험 결과
5. 주의 사항
6. 관련 자료
1. 개요 및 목적
1. 개요 및 목적
두 종류의 주요한 장티푸스 유전자를 증폭할 수 있는 primer set을 이용하여 장티푸스를 진단하는데 사용되는 중합효소 연쇄 반응 분석법이다.
2.실험 재료 및 기기
2. 실험 재료 및 기기
PCR PreMix, Primer set, 결핵균 DNA, Agaroge gel, TAE or TBE buffer, loading dye, DNA ladder (100bp)
Conventional PCR (ex.DuxCycler-바이오메듀스,한국)
DNA Electrophoresis (ex.DuxGeldoc- 바이오메듀스,한국)
3. 실험 방법 및 절차
3. 실험 방법 및 절차
1) PCR 혼합액을 준비한다. PCR 혼합액은 검체 1개 기준으로 다음 표의 조성으로 각 시약을 혼합하여 준비 한다. 이때 각 시약의 사용량은 대조군(양성대조군, 음성대조군)을 포함한 검체의 반응수에 따라 필요한 양을 계산한다.
첨가시약
용량(검체 1개 기준)
PCR PreMix
10 ㎕
Primer Mix
4 ㎕
D.W
3 ㎕
합계
17 ㎕
2) PCR 혼합액을 5회 정도 가볍게 섞어주거나 vortexing한 후 가볍게 원심분리한다.
3) PCR 튜브에 PCR 혼합액을 17 ㎕씩 분주한다. (분주 후에는 바로 뚜껑을 닫아 오염을 방지한다.)
4) 튜브에 임상검체에서 추출한 template DNA 3 ㎕를 첨가한다.
(양성대조군에는 제공되는 양성대조군 DNA를, 음성대조군에는 D.W를 첨가한다.)
첨가시약
용량(검체 1개 기준)
PCR 혼합액
17 ㎕
template DNA
3 ㎕
합계
20 ㎕
4) 각 혼합액 튜브는 30초간 원심분리 후, PCR 장치에 넣어 아래와 같이 반응시킨다.
과 정
온 도
시 간
cycle 수
UDG treatment
37℃
2분
1
Pre-Denaturation
95℃
15분
1
Denaturation
95℃
30초
40
Annealing
58℃
1분
Extension
72℃
2분
Final-Extension
72℃
5분
1
End
4℃
∞
5)PCR 산물 5 uL를 1-2% 아가로즈 겔에서 전기영동하여 확인한다.
4. 실험 결과
4. 실험 결과
-두개의 밴드 587bp, 484bp에서 모두 확인 시 양성으로 판단한다.
5. 주의 사항
5. 주의 사항
1) 실험 도중 DNA나 PCR 시약이 오염되지 않도록 파이펫팅에 주의를 기울인다.
2) 실험 방법 중 온도나 시약 양을 틀리지 않게 주의하여 실험한다.
#장티푸스 #DNA # UDG system #PCR