1. 개요 및 목적
1. 개요 및 목적
Lamda Phage의 genome을 사용하여 PCR의 기초를 탐구할 수 있다.
세 개의 다른 프라이머(primer) 세트를 사용하여 Lambda Phage genome의 세부분을 증폭시키고,
genome 조각의 크기(염기서열의 길이)별로 구별할 수 있다.
2. 실험 재료 및 기
여기에 내용을 입력하시면 펼쳤을 시 표시됩니다.
2. 실험 재료 및 기기
실험 재료
▼ 본 실험에서 사용한 primer 1, primer 2, primer 3의 서열 정보
P1_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P1_R: CGTTGCGTTTGTTTGCAC
P2_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P2_R: ACCTGCTGATCTGCGACTTA
P3_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P3_R: TGACTCCTGTTGATAGATCCAGT
실험 기기
- Conventional PCR (본 실험에서 사용한 기기 → DuxCycler (주)바이오메듀스,한국)
- DNA Electrophoresis (본 실험에서 사용한 기기 → DuxGelDoc- (주)바이오메듀스,한국)
3. 실험 방법
3. 실험 방법 및 절차
1) 샘플을 준비한다.
| Sample 1 | Sample 2 | Sample 3 | Sample 4 (NC) |
|---|
2X Master Mix | 10uL | 10uL | 10uL | 10uL |
Primer Set | P1: 4uL | P2: 4uL | P3: 4uL | - |
Lambda DNA | 3uL | 3uL | 3uL | 3uL |
dH2O | 3uL | 3uL | 3uL | 7uL |
Total | 20uL | 20uL | 20uL | 20uL |
2) PCR 조건에 맞춰 기기를 세팅한다.
단계 | 온도 | 시간 | 반복 사이클 |
|---|
초기 변성* | 95℃ | 05:00 | 1 |
변성 | 95℃ | 00:30 | 30 |
결합 | 58℃ | 00:30 |
신장 | 72℃ | 01:00 |
최종 신장* | 72℃ | 05:00 | 1 |
| 4℃** | ∞ |
|
* 주형 (target) DNA의 완전한 변성(denaturation)을 위하여 처음에 5분 정도의 충분한 초기 변성 시간을 주는 것이 좋습니다. 이는 변성이 충분하지 않으면 primer의 결합(annealing)과 신장(elongation)이 방해받아 정확한 반응물이 생기지 않을 수 있기 때문입니다. 신장도 같은 이유로 5분 정도의 충분한 최종 신장 시간을 주는 것이 좋습니다.
** PCR이 끝난 후 산물이 변성없이 제일 안정적으로 유지될 수 있는 온도입니다.
3) PCR이 끝난 후 전기영동으로 증폭된 PCR 산물을 확인한다.
(1) 아가로스 겔 만들기
① 삼각 플라스크에 0.5X TBE buffer와 아가로스 powder를 넣고 잘 섞어준다.
DNA 시료의 크기 범위 | 아가로스겔의 농도 (w/v) | TAE 버퍼 | 아가로스 |
|---|
1kb~30kb | 0.5% | 20mL | 0.10g |
800bp~12kb | 0.7% | 20mL | 0.14g |
500bp~10kb | 1.0% | 20mL | 0.20g |
400bp~7kb | 1.2% | 20mL | 0.24g |
200bp~3kb | 1.5% | 20mL | 0.30g |
50bp~2kb | 2.0% | 20mL | 0.40g |
[DNA 크기에 따른 아가로스겔의 농도]
2. 삼각 플라스크를 전자레인지에 넣고 1~2분 가량 돌려 powder를 완전히 녹인다.
3. 겔 플레이트에 comb (Sample을 로딩할 수 있는 웰을 만들어줌)를 꽂고 녹인 아가로스를 부어 굳힌다.
4. 실험 결과
4. 실험 결과
![[사진1] 실험결과 예시](https://cdn.imweb.me/upload/S20201217e35fe669ddb46/2f7b89091eff9.png)
Lane |
|
|---|
M | 100bp DNA Ladder |
1 | Primer set 1 사용 DNA (202bp) |
2 | Primer set 2 사용 DNA (304bp) |
3 | Primer set 3 사용 DNA (501bp) |
4 | Negative Control |
▲ 실험결과 예시 이미지 (이미지 촬영: DuxGeldoc - (주)바이오메듀스)
5. 주의사항
5. 주의 사항
① 실험도구 및 테이블을 소독하여 오염원을 제거한다.
② 한 Tube에 목표한 프라이머만 들어가도록 정확하게 실험한다.
6. 관련 자료
6. 관련 자료
#PCR #Conventional PCR #Lambda Phage #DNA #Nucleic Acid Amplification #Electrophoresis
* 본 실험에 사용된 Lamda phage DNA는 (주)바이오메듀스의 교육용 PCR Kit를 사용했습니다.
이경진 연구원
경기도 수원시 영통구 대학4로 17 (이의동) 에이스광교타워1 3층 308호
Tel.(+82)031-899-8620 Fax.(+82)031-899-8621
E-mail. biomedux@biomedux.com
1. 개요 및 목적
1. 개요 및 목적
Lamda Phage의 genome을 사용하여 PCR의 기초를 탐구할 수 있다.
세 개의 다른 프라이머(primer) 세트를 사용하여 Lambda Phage genome의 세부분을 증폭시키고,
genome 조각의 크기(염기서열의 길이)별로 구별할 수 있다.
2. 실험 재료 및 기
여기에 내용을 입력하시면 펼쳤을 시 표시됩니다.
2. 실험 재료 및 기기
실험 재료
▼ 본 실험에서 사용한 primer 1, primer 2, primer 3의 서열 정보
P1_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P1_R: CGTTGCGTTTGTTTGCAC
P2_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P2_R: ACCTGCTGATCTGCGACTTA
P3_F: GAAGCGTTTATGCGGAAGAG
P3_R: TGACTCCTGTTGATAGATCCAGT
실험 기기
3. 실험 방법
3. 실험 방법 및 절차
1) 샘플을 준비한다.
2) PCR 조건에 맞춰 기기를 세팅한다.
* 주형 (target) DNA의 완전한 변성(denaturation)을 위하여 처음에 5분 정도의 충분한 초기 변성 시간을 주는 것이 좋습니다. 이는 변성이 충분하지 않으면 primer의 결합(annealing)과 신장(elongation)이 방해받아 정확한 반응물이 생기지 않을 수 있기 때문입니다. 신장도 같은 이유로 5분 정도의 충분한 최종 신장 시간을 주는 것이 좋습니다.
** PCR이 끝난 후 산물이 변성없이 제일 안정적으로 유지될 수 있는 온도입니다.
3) PCR이 끝난 후 전기영동으로 증폭된 PCR 산물을 확인한다.
(1) 아가로스 겔 만들기
① 삼각 플라스크에 0.5X TBE buffer와 아가로스 powder를 넣고 잘 섞어준다.
[DNA 크기에 따른 아가로스겔의 농도]
2. 삼각 플라스크를 전자레인지에 넣고 1~2분 가량 돌려 powder를 완전히 녹인다.
3. 겔 플레이트에 comb (Sample을 로딩할 수 있는 웰을 만들어줌)를 꽂고 녹인 아가로스를 부어 굳힌다.
4. 실험 결과
4. 실험 결과
▲ 실험결과 예시 이미지 (이미지 촬영: DuxGeldoc - (주)바이오메듀스)
5. 주의사항
5. 주의 사항
① 실험도구 및 테이블을 소독하여 오염원을 제거한다.
② 한 Tube에 목표한 프라이머만 들어가도록 정확하게 실험한다.
6. 관련 자료
6. 관련 자료
#PCR #Conventional PCR #Lambda Phage #DNA #Nucleic Acid Amplification #Electrophoresis
* 본 실험에 사용된 Lamda phage DNA는 (주)바이오메듀스의 교육용 PCR Kit를 사용했습니다.
이경진 연구원
경기도 수원시 영통구 대학4로 17 (이의동) 에이스광교타워1 3층 308호
Tel.(+82)031-899-8620 Fax.(+82)031-899-8621
E-mail. biomedux@biomedux.com